전국 과학고는 대부분 1~3단계 전형을 실시하고 있다. 1단계는 수상실적이나 학교성적, 2단계는 수학·과학 창의적문제해결력 검사, 3단계 전형은 과학캠프 및 심층면접으로 치러진다.

우선 1단계 전형은 수상실적, 학교성적, 자기소개서, 추천서, 각종 실적물 등을 평가한다. 수상실적은 시도 단위 이상의 수학, 과학 수상실적 등이 필요하고, 학교 성적은 수학, 과학 과목의 직전 학년 1, 2학기 성적이 반영된다.

1단계전형은 수학, 과학의 영재성을 입증하는 방식으로 전형이 진행되기 때문에 수상실적이 있거나 학교 성적 등이 우수하면 1단계 통과가 가능하다.

2단계 전형은 수학, 과학의 창의적 문제해결력 검사가 실시된다. 작년에는 1교시에 수학, 2교시에는 과학I, 3교시 과학II가 실시됐다. 2단계 전형은 수학 또는 과학(물리·화학·생물·지구과학) 성적이 우수한 학생을 각각 일정 비율 선발하고, 나머지는 수학 및 과학 성적을 통합해 선발하기 때문에 정 분야에서 우수한 성적을 내면 유리하다.

3단계 전형은 3박4일 동안 실시되는 과학캠프 및 심층면접이다. 3단계 전형은 1일차 지구과학 구술평가, 2일차 과학실험평가, 3일차 수학구술평가, 4일차 화학과목에 대한 자료베이스 평가가 진행된다.

구술평가는 문제에 대한 답도 중요하지만 면접관에게 자신이 구한 답이 논리적으로 타당한지를 설명하는 것이 중요하다. 과학 실험평가의 경우 과목별로 예상되는 대표 실험 문제에 대해 실험 방법, 실험 결과 해석 및 평가, 실험보고서 작성 등을 직접 체험해 보는 것이 필요하다.